Takashi Natsume terus mengembalikan nama-nama roh-roh yang telah tertulis dalam “Kitab Friends” ia warisi dari neneknya, Reiko Natsume. Sementara Natsume masih dibantu oleh gemuk Nyanko-sensei, dia sekarang dibantu oleh beberapa teman-teman yang telah dibuat dalam perjalanannya; baik itu manusia atau roh. Saat ia menjadi lebih dekat dengan keduanya, Natsume menghadapi pertanyaan yang tak terelakkan dari sisi ia harus mengambil terutama ketika ada konflik antara keduanya.
